衢州市第二人民医院创建于1955年，曾先后命名为中西医联合医院、红十字会医院、衢县人民医院、衢江区人民医院、衢州市第二人民医院，现已发展成为一家集医疗、急救、教学、科研、保健于一体的全民所有制二级甲等综合性医院，是衢州市医保、工伤、生育保险定点医疗机构，衢州市交通事故、高速公路交通事故抢救定点医院。

医院现“一院两址”运行，拥有本部和分部两大院区。设床位550余张;职工850余人,其中中高级职称200余人；学科建设齐全、特色明显，拥有临床、医技科室三十余个，其中神经内科、眼科为浙江省县域龙头学科，消化内科为衢州市级重点学科；建有沪杭医疗专家工作站11个，上海、杭州等地知名专家定期来院坐诊、查房、手术等；配有西门子1.5T核磁共振、大型高压氧舱、飞利浦16排CT机等先进设备；建立“美国UCLA—浙医二院—衢州分院—社区卫生服务机构”四级远程服务网络；开通远程会诊、双向转诊、病理联合诊断平台；拥有浙医二院优秀的管理、技术型常驻专家及周末专家来院坐诊、查房、手术等，并设立浙医二院衢州国际体检保健中心。2015年11月，两岸合作共建浙江衢州·台北新光两岸血透技术合作交流中心在我院成立，并有台湾知名肾脏病专家不定期入驻。

2019年，在区委区政府的全力支持下，组建以衢州市第二人民医院为总院的医共体，下辖杜泽分院、廿里分院、乌溪江分院、上方分院等15家乡镇卫生院。